Red de coexpresión de 320 genes de Tectona grandis relacionados con procesos de estrés abiótico y xilogénesis

Vladimir Camel, Esteban Galeano, Helaine Carrer

Resumen


Tectona grandis es un árbol maderable de importancia económica en bosques tropicales y subtropicales. Mediante este estudio, se identificaron familias de factores de transcripción (FTs) y genes codificantes para enzima, diferencialmente expresados en el xilema del tallo, implicados en la regulación de la respuesta a estrés abiótico y xilogénesis en T. grandis. Así, fue analizada la distribución evolutiva de 19 genes codificantes para FTs de T. grandis mediante análisis filogenéticos. También, fue utilizada la minería de bases de datos y publicaciones para identificar 320 genes de Arabidopsis thaliana (ortólogos a T. grandis) como soporte experimental y predictivo. Como resultados, se encontraron FTs de las familias bZIP, MYB, NAC, ER, bhlh, NuY y genes que codifican enzimas. Así mismo, se logró analizar el interactoma de T. grandis encontrando correlaciones de Pearson significativas para genes que regulan vías metabólicas de fenilpropanoides y estrés abiótico. Además, la red de coexpresión reveló nodos y aristas entre los genes TgRAP1, TgMyB1, TgHSF1, TgMyB3, TgNAC1, TgTsiid1, TgLieTFs1, TgNuy3, TgRAP2 y TgNuy4. En particular, los análisis de ontología génica mostraron 31 genes de respuesta a estrés abiótico, principalmente TgHShT1, TgHSF1 y TgHSF2 como correguladores. Además, se encontró que el regulador maestro TgNAC1, está involucrado en la corregulación de otros factores de transcripción.

 

Palabras clave


biología de sistemas; enriquecimiento funcional; genes diferencialmente expresados; minería de literatura; ontología génica

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DOI: https://doi.org/10.1016/j.recqb.2017.04.001

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