Uncovering activity cliff generators using distribution of SALI values

José L. Medina-Franco, Karina Martinez-Mayorga

Resumen


Activity cliffs are defined as compounds with high structure similarity but large potency difference. Identification of activity cliffs have a significant impact in lead optimization in medicinal chemistry, and computational applications such as the development of predictive models and the selection of queries for similarity searching. Therefore, the identification of compounds highly associated with activity cliffs in a given data set i.e., ‘activity cliff generators’, is of major relevance. Herein, we report the identification of activity cliffs and structure-activity relationships of a set of 289 synthetic compounds tested in a G protein-coupled receptor kinase, GRK. To account for information of multiple structure representations we used mean Structure-Activity Landscape Index (SALI). Structural fragments responsible for the activity are discussed. 


Palabras clave


activity cliff; consensus activity landscape; GRK6; Structure-Activity Landscape Index

Texto completo:

PDF LENS


DOI: https://doi.org/10.1016/j.recqb.2017.08.002

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.


Financiado por:

 

Proyecto C-290903

Licencia Creative Commons
TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas está distribuido bajo una Licencia Creative Commons Atribución-NoComercial-SinDerivar 4.0 Internacional.

TIP REVISTA ESPECIALIZADA EN CIENCIAS QUÍMICO-BIOLÓGICAS, Volumen 23, 2020, es una publicación editada por la Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad Universitaria, Deleg. Coyoacán, C.P. 04510, Ciudad de México, México, a través de la Facultad de Estudios Superiores Zaragoza, Campus I, Av. Guelatao # 66, Col. Ejército de Oriente, Deleg. Iztapalapa, C.P. 09230, Ciudad de México, México, Teléfono: 55.56.23.05.27, http://tip.zaragoza.unam.mx, Correo electrónico revistatip@yahoo.com, Editor responsable: Dra. Martha Asunción Sánchez Rodríguez, Certificado de Reserva de Derechos al Uso Exclusivo del Título No. 04-2014-062612263300-203, ISSN: 2395-8723 ambos otorgados por el Instituto Nacional del Derecho de Autor, Responsable de la última actualización de este número Claudia Ahumada Ballesteros, Facultad de Estudios Superiores Zaragoza, Av. Guelatao # 66, Col. Ejército de Oriente, Deleg. Iztapalapa, C.P. 09230, Ciudad de México, México, fecha de la última modificación, 28 de julio de 2020.

Esta página puede ser reproducida con fines no lucrativos, siempre y cuando no se mutile, se cite la fuente completa y su dirección electrónica. De otra forma requiere permiso previo de la institución.